一衣带水的邻邦日本，已是亚洲性教育最发达的国家，性教育更是中小学的一门普通学科。在日本的各个便利店里，一角的架子上摆放着各种成人色情杂志，供人购买和翻阅。街边可见成人影碟店，还有合法的红灯区，性在这个国家是很容易获取的讯息，无论你是成人还是未成年人。
到底应该什么时候开始性教育？在日本，这个年龄一直以女孩的“初潮”作为时间点，随着社会的进步和儿童发育的加快，这个时间向前推移。很多女孩在小学时已经开始面临身体的变化，而在中学才开设的性教育课程显然太迟。直到1992年，文部省教学指导要领才开始确认，需要把身体的第二性征发育的认知作为小学生的保健体育课上必须的条目。在此之前，日本的小学教材并没有性教育课程，对于第二性征的发育的教育，都是在中学一年级的时候才开始学习的。这件事可以作为日本的青少年性教育的一个转折点，让性教育从中学进入小学。
日本社会本身就很保守，看到这些教材，父母们难免会觉得，为什么这些东西要在小学的时候就让孩子知道？是否真的有必要？另外，对于老师来说，性教育应当用怎样的方法来进行，也是一个很大的难题。至今为止，还是有很多的人认为，性教育就是性爱教育，就是有关于艾滋病预防啊，防止早孕等狭隘范围内的东西。而在推行早期也遇到不少困难，作为老师，当这本小学教材突然放到眼前时，也是处于一个手足无措、完全不知道如何去应对的状态。这和教师制度也是有关系的，因为在中学，只有保健体育的老师才教授性教育课程，他们本身是受过相关教育的。但是小学，这个课程并不需要专门老师教授，所以上课的老师可能并没有受过相关教育，这也是一个很大的问题。
因为没有经验和科学的教授方法，有的老师会直接告诉学生性爱的话题。这个应该是小学高年级的性教育课程遭到反对的主要原因，超过指导要领上的这些内容被过多地传递给孩子，也是对性教育的开展的一种阻扰。家长发现自己的孩子已经被教授如此程度的内容时，反对也是当然的。所以，近年来日本的小学性教育活动有走低、不活跃的趋势，这也是过度教育造成的。
小学生教材因为图解太过于直白，被禁止的时候也有。但就算是被禁止的那些教材，其实也是原来经过文部省的许可的。2002年，日本母子卫生研究会曾编写出版一本针对中小学学生的性教育教科书：《思春期的爱与身体之书》。由于书中详细讲述了避开性侵犯和性虐待的方法，《思春期的爱与身体之书》在发放一个月后即遭数名众议院女议员的抗议，引起国会激烈讨论，最终被认为传播“过激的性教育”而成为绝版。
到了大学的课堂，性教育就不同了。为了让男女学生更深入了解成熟男女的生理特征。有些条件比较好的学校，在老师讲完女性生殖器官的结构后， 还会请来真人女模特在课堂上进行展示。学生们可以近距离进行观察和了解。
